Před zahájením výzkumu byl v dubnu až červnu 2012 proveden zjišťovací výzkum, který zahrnoval vykopání 9 zjišťovacích sond, jejich odborné vyhodnocení a posouzení z hlediska bezpečnosti práce a následné zasypání, které bylo nutné, protože vlastní výzkum na výzkum zjišťovací navazoval až s několikaměsíčním odstupem.
Na základě prostudování historických zpráv, ikonografie, odborné i vlastivědné literatury a zpráv pamětníků jsme předpokládali, že výkop stavební jámy suterénního integrovaného vstupního objektu, který je v severovýchodní části zahloubený cca 4,5 m pod úroveň stávajícího terénu, zachytí pozůstatky středověkého hřbitova náležejícího ke kostelu sv. Klimenta (jeho přesná poloha není známá a dosud provedené výkopové práce ho nezachytily) a konstrukce tzv. Nového nebo Horního Města založeného Kostky z Postupic na konci 15. století. Zjišťovací výzkum tento předpoklad potvrdil. Pod navážkovými vrstvami souvisejícími s terénními úpravami po výstavbě budovy muzea a mladšími zásahy se podařilo zachytit jak středověký hřbitov, tak zdiva tzv. Nového Města.