Před zahájením výzkumu byl v dubnu až červnu 2012 proveden zjišťovací výzkum, který zahrnoval vykopání 9 zjišťovacích sond, jejich odborné vyhodnocení a posouzení z hlediska bezpečnosti práce a následné zasypání, které bylo nutné, protože vlastní výzkum na výzkum zjišťovací navazoval až s několikaměsíčním odstupem.

Na základě prostudování historických zpráv, ikonografie, odborné i vlastivědné literatury a zpráv pamětníků jsme předpokládali, že výkop stavební jámy suterénního integrovaného vstupního objektu, který je v severovýchodní části zahloubený cca 4,5 m pod úroveň stávajícího terénu, zachytí pozůstatky středověkého hřbitova náležejícího ke kostelu sv. Klimenta (jeho přesná poloha není známá a dosud provedené výkopové práce ho nezachytily) a konstrukce tzv. Nového nebo Horního Města založeného Kostky z Postupic na konci 15. století. Zjišťovací výzkum tento předpoklad potvrdil. Pod navážkovými vrstvami souvisejícími s terénními úpravami po výstavbě budovy muzea a mladšími zásahy se podařilo zachytit jak středověký hřbitov, tak zdiva tzv. Nového Města.

Vlastní záchranný archeologický výzkum byl zahájen na konci října 2012. Nejprve proběhly v souladu s doporučením odborné komise dozorované skrývky horních partií výše zmíněných navážek. Pak byla celá plocha o rozměrech 60 x 8-9 m rozměřená do čtvercové sítě a byl zahájený vlastní záchranný archeologický výzkum, který dosud probíhá. Jeho ukončení je plánováno na konec března 2013. Vzhledem k ročnímu období, kdy výzkum probíhá, muselo Východočeské muzeum na základě doporučení odborné komise přistoupit k zastřešení celé zkoumané plochy a k zajištění vytápění, jehož cílem je zabránit dalšímu promrzání. Výzkum byl proto od 18. prosince 2012 do 19. ledna 2013 přerušen, objevené konstrukce byly zakryté a až do doby výstavby zastřešení probíhalo pouze odstraňování napadaného sněhu. Záchranný archeologický výzkum pokračuje od 19. ledna již uvnitř provizorního objektu.

Výzkumem se podařilo zachytit úpravy prostoru po zániku Horního Města zadlážděním, případně zpevněním povrchu, do něhož byly zapojeny i koruny zdiv zaniklých staveb. Pod těmito konstrukcemi se v severovýchodní části zkoumané plochy nacházela mladšími zásahy nenarušená část hřbitova. Ten dále pokračoval do střední části zkoumané plochy, kde byl porušen superpozicí dvou domů Nového Města. Dispozice obou domů byla přerušená výkopem zřejmě pro dřevěný vodovod a výkopem pro dosud stojící kanalizační stoku. V jihozápadní části zkoumané plochy se objevila přístupová komunikace do města, s ní související objekt, pravděpodobně městská brána, a na ni navazující dům s částečně dochovanými sklepy.

V současné době je dokončen výzkum mladšího domu ve střední části zkoumané plochy a probíhá dokumentace, včetně 3D skenování. Z nálezů si zaslouží pozornost zlomky kachlů z několikerých kachlových kamen a cihlový sokl kachlových kamen s fragmenty několika tapetových zeleně glazovaných komorových kachlů in situ. Objekt zanikl požárem; podle movitých nálezů to byl požár v roce 1635. V nejbližších dnech proběhne záchranný archeologický výzkum staršího domu rovněž zničeného požárem (pro bližší dataci zatím nemáme dostatek nálezů) a zbytků hřbitova pod konstrukcemi mladšího domu. Probíhá výzkum objektu předběžně interpretovaného jako brána a podsklepeného domu (zachyceny jsou čtyři sklepy, z toho jen jeden neporušený), který na něj navazuje. Pravděpodobně i tento dům prošel požárem, klenby však byly pobořené až v souvislosti s úpravami terénu po zániku města.

V interiéru muzea probíhá záchranný výzkum při zásazích do terénu v pvním a druhém podzemním patře, vyvolaných rozšiřováním prostor spodního patra. V prvním podzemním, prvním a druhém nadzemním patře a v půdním prostoru muzea dochází k výměně podlah, případně ke zvýšení únosnosti kleneb. V těchto prostorách jsou kopány zjišťovací sondy v místech, kde původně stála otopná zařízení (kachlová kamna), po jejich vyhodnocení je odebírání klenebních zásypů dozorováno a veškerý movitý archeologický materiál je shromažďován. Při těchto pracích Východočeské muzeum úzce spolupracuje s Územím odborným pracovištěm Národního památkového ústavu v Pardubicích. Zatím se podařilo objevit několik zdiv starších než je samotná budova muzea a několik pozůstatků podstavců kachlových kamen, z movitých nálezů vedle zlomků barokních kamnových kachlů i několik útržků písemností souvisejících s činností piaristického gymnázia.